Es ist egal welche Farbe die transparenten Teile haben.
Geh auf Kanäle und füge einen Alpha Kanal hinzu.
Ein Alphakanal ist immer schwarz/weiss.
schwarz = transparent | weiss = sichtbar
Wähle den Alphakanal aus und mal die Teile die du sichtbar haben willst weiss.
Zur Hilfe kannst du die RGB Kanäle anschalten. Musst halt nur sehen dass du auf dem Alphakanal pinselst ansonsten machst du die Textur kaputt.
Wenn du dann fertig bist einfach als 32bit .tga abspeichern und voilá.