En el caso de que tengas el cd de instalación de Windows 7 y estés familiarizado con los comandos de MS-DOS podes probar con bootrec.exe
bootrec /fixmbr
bootrec /fixboot
bootrec /rebuildbcd
http://windows7themes.net/how-to-fix...windows-7.html
http://www.youtube.com/watch?v=fMwfWP2ahyw
(supongo que la solución debe ser igual en Vista y en Windows 7)
En varias paginas recomiendan el uso de bootsec.exe: http://neosmart.net/blog/2007/bootse...r-not-the-mbr/
PD: En realidad no se mucho sobre como funciona el sistema de arranque, así que puede que lo que haya escrito sea una estupidez y/o no funcione en absoluto.
PD2: Siempre es recomendable tener un backup del mbr, no tengo idea de como se haga en Windows.